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habrok:job_management:scheduling_system [2023/03/21 21:05] – [Complete job script example] adminhabrok:job_management:scheduling_system [2025/07/14 14:13] (current) – [Nodes and cores] pedro
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 ==== Nodes and cores ==== ==== Nodes and cores ====
  
-The requirements for nodes (full computers) and cores can be given using the parameters ''%%--%%nodes'', ''%%--%%ntasks'', ''--ntasks-per-node'', +The requirements for nodes (full computers) and cores can be given using the parameters ''%%--%%nodes'', ''%%--%%ntasks'', ''%%--%%ntasks-per-node'', 
 ''%%--%%ntasks-per-core'', ''%%--%%cpus-per-task'' and ''%%--%%ntasks-per-core''. Here is a basic description of what they mean: ''%%--%%ntasks-per-core'', ''%%--%%cpus-per-task'' and ''%%--%%ntasks-per-core''. Here is a basic description of what they mean:
  
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 If your application is using MPI and may benefit from a high bandwidth (the amount of data transferred per second) and/or low latency (the amount of time it takes for the first bit to arrive) you can send the job to the ''omnipath'' partition. The nodes in this partition are equipped with an Omni-Path network adapter which has 100 Gbps bandwidth and a latency of a few microseconds. You can do this by specifying the partition in the jobscript using: If your application is using MPI and may benefit from a high bandwidth (the amount of data transferred per second) and/or low latency (the amount of time it takes for the first bit to arrive) you can send the job to the ''omnipath'' partition. The nodes in this partition are equipped with an Omni-Path network adapter which has 100 Gbps bandwidth and a latency of a few microseconds. You can do this by specifying the partition in the jobscript using:
 <code> <code>
-#SBATCH --partition=omnipath+#SBATCH --partition=parallel
 </code> </code>
 Since there are only limited resources available in this partition there are two important guidelines Since there are only limited resources available in this partition there are two important guidelines
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 The following table gives an overview and description of other useful parameters that can be used: The following table gives an overview and description of other useful parameters that can be used:
  
-^Parameter ^Description                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ^ +^Parameter ^Description ^ 
-|%%--%%job-name |Specify a name for the job, which will be shown in the job overview                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          | +|%%--%%job-name |Specify a name for the job, which will be shown in the job overview |                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          
-|%%--%%mail-type|Comma-separated list of events for which an email notification should be sent. Valid event names are:\\ //ALL// - equivalent to: //BEGIN//, //END//, //FAIL// and //REQUEUE//\\ //BEGIN// - job started running\\ //END// - job completed\\ //FAIL// - job failed\\ //REQUEUE// - job is requeued\\ //TIME_LIMIT// - job exceeded time limit\\ //TIME_LIMIT_50// - job reached 50 percent of time limit\\ //TIME_LIMIT_80// - job reached 80 percent of time limit\\ //TIME_LIMIT_90// - job reached 90 percent of time limit| +| 
-|%%--%%mail-user|Email address to receive notifications of job state changes as requested with the —mail-type option\\ **WARNING: due to bans from Microsoft we put a limit on the number of mails that can be sent to Hotmail/Outlook/Live addresses. Therefore, please use your RUG email address here!**                                                                                                                                                                                                                                   | +|%%--%%output   |Name of the job output file (default: slurm-<jobid>.out). Use %j if you want to include a job id in the filename.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |
-|%%--%%output   |Name of the job output file (default: slurm-<html><jobid></html>.out). Use %j if you want to include a job id in the filename.                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               |+
 |%%--%%partition|Specify in which partition the job has to run                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                | |%%--%%partition|Specify in which partition the job has to run                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                |
  
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 #SBATCH --job-name=my_first_slurm_job #SBATCH --job-name=my_first_slurm_job
-#SBATCH --mail-type=BEGIN,END 
-#SBATCH --mail-user=some@user.com 
 #SBATCH --output=job-%j.log #SBATCH --output=job-%j.log
 #SBATCH --partition=short #SBATCH --partition=short